在这个时期，秦东太清楚教会对世俗权利的危害了，特别是到了中世纪之后的黑暗时代，就是因为神权凌驾于君权之上才造成了欧洲数百年乃至上千年的欧洲黑暗时代，这段事情里，欧洲文明非但没有丝毫进步，反而倒退了数百年。
而这一时间就是从著名的查理曼开始的，查理曼靠着与罗马教会的联盟，由教皇支持吞并了他弟弟卡洛曼的全部国土，随后又是靠着教皇的支持带领军队东征西战打下若大的疆域。公元800年12月25日，查理在罗马圣彼得大教堂做礼拜的时候，突然被教皇利奥三世戴上了皇冠，并被称为“罗马人的皇帝”。教皇高声宣布：“上帝为查理皇帝加冕！这位伟大的、给世界带来和平的罗马人的皇帝，万寿无疆和永远胜利。”接着，罗马的贵族们开始高声赞颂那历史性的诗文：“奥古斯都•查理！承上帝之命戴上金冠！天佑我罗马人的皇帝，赐予他和平、胜利！”教堂内欢声雷动，欢呼查理成为西罗马帝国的继承人和基督教世界的保护者。从此“查理国王”变成了“查理曼”，“曼”就是大帝的意思。
如果不是教皇的支持，查理想要这么多次南征北战中屡战屡胜恐怕不是那么容易，而由教皇给他加冕，这个举动就有些耐人寻味了，这就等于向世人宣布只有被教皇加冕的皇帝在是正统，一切不是由教皇加冕的皇帝都是名不顺而言不顺，而正是从这个时候开始，教皇的对世俗权力的影响开始加大，因为它可以左右皇帝的人选了。
秦东正是因为知道这一点，才对教会的种种举动进行限制，防止教会在他的地盘上有着太大的影响力，只要教会中人有影响官员人选和政局的情况发生，他一般都是绝不留情，一律剿灭。
听完秦东的话，在场官员中有几个原东帝国官员立即表示自己回去之后马上召集亲朋好友和他所信仰的教会教士，要当众宣布脱离教派，从此不再信仰任何宗教。在权力和信仰方面，他们这些官迷们毅然选择了权力舍弃了信仰，但是另外的几个原东罗马官员则表示不能放弃信仰，因此只能向秦东辞职，秦东也没有挽留，天要下雨，娘要嫁人，都随他去吧。
带那几个辞职的官员都离开之后，秦东又说：“好了，这里没有外人，现在留下的都是自己人，有关宗教的问题，本王回去之后还准备新成立一个官署，专门管理各教派事务，暂且命名为宗教事务管理部，这个部门的最高长官级别与国师等同，同样也不能有信仰，已经存在的宗教在宗教事务管理部成立之后，各教派最高负责人必须到该部门去备案，在期限内不去备案者一律强制取缔，没收所有产业和财产，遣散信徒，以后如果有人建立新的教派之前也必须到该部门去备案，否则不予核准，在不经过该部门的发照准许的情况下擅自建立新教的一律强制取缔！”
众人面面相觑，也明白秦东为什么会对宗教管理这么严格，但秦东又没有说要打击宗教，只是在管理上进行了加强，从此以后，各教派人士在政治上就没有什么影响力了。
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