侯君集也确有宰相之才，魏征就曾向太宗推荐过侯君集，让他任仆射，并说：“国家安不忘危，不可无大将，诸卫兵马宜委君集专知。”
但太宗认为君集喜欢自我夸耀，所以没有重用。
侯君集一直作为太宗的忠实追随者而备受器重。他和秦叔宝、尉迟恭不同，不是以骁勇而充当太宗的打手，他又和李靖，李世绩不同，他从头到尾都是秦府的人。同时，他的祖辈是关陇军事贵族集团中的成员，这也是他受信任的一个重要原因。
在玄武门之变中，侯君集扮演了一个非常重要的角色，促使太宗的最终决策，并且是太宗进入玄武门随行九人之一。史称“建成、元吉之诛，君集之策居多”。这从事后的封赏也可看出，侯君集食邑千户，仅次于尉迟、房、杜、长孙几人，而在诸将之上。
太宗即位后，侯君集一直握有很大的兵权。贞观四年，又以兵部尚书参与朝政而入相。他虽然出身行伍，但是被重用后，开始认真读书，后来他还担任吏部尚书主持典选，工作比较出色，得到朝野的好评。
在原本的历史上，侯君集在贞观时期参与了两次较大规模的战争。第一次是贞观九年由李靖总指挥的灭吐谷浑之战。他在此次战争中担任一支方面军的指挥官，积石道行军总管。战争初期，由于吐谷浑可汗慕容伏允实施坚壁清野的防御政策，致使数道唐军因补给不济而退保鄯州。
这时，鄯州道行军总管任城王李道宗提出：“柏海近河源，古未有至者。伏允西走，未知其在，方马癯粮乏，难远入，不如按军鄯州，须马壮更图之。”
侯君集却以为不妥，他认为：“王师已至，而贼不走险，天赞我也。若以精兵掩不备，彼不我虞，必有大利。若遁岨山谷，克之实难。”
主张趁敌人未注意以精兵追击。这个提议得到主帅李靖的支持。果然，李道宗很快追上了伏允，大败之。后来李靖兵分二路，侯君集和李道宗负责南线战场，李靖、李大亮等北上，李靖部将薛万彻等追伏允至图伦碛深处，成功结束了战争。
这次战争充分显示了侯君集清醒的战场意识以及较出色的指挥才能。虽然侯君集后来担任过防御吐蕃的当弥道行军大总管等总指挥职务，但是最终另他成为李靖以后军队第一号人物的战争是贞观十四年灭高昌之战。
不过现在的历史已经发生了巨大的改变，侯君集如同历史上一样，参与了第一次征讨吐谷浑的战争，但是征讨高昌的却变成了杜睿。不过剿灭薛延陀的一场大战，却成为了他人生的另一个亮点。
如果没有今天这件事情发生的话，或许侯君集的人生就完全不一样了，但是现在，一切的一切，说什么都太晚了。
太宗在听过了杜睿的总结报告之后，许久没有言语，最终只是疲惫的摆了摆手，道：“好了！这件事就交给太子处理吧！还有稚奴，他既然还没有犯错，就不要让他错下去了，那些相关的人，便让他们都安度晚年好了！你下去吧！朕想一个人待会儿！”
杜睿也没有过多的劝说，他知道太宗这一天的时间，太累了，累极了，关键就是他的心，不单单是累，还有痛。
多年相伴的老友谋反，自己的嫡亲儿子也要谋反，这对于一个几乎走到了人生尽头的老人来说，绝对是一个沉重的打击。
“圣上！还望善保龙体！”
太宗无力的点了点头，道：“好了！朕知道了！”
杜睿起身就要退下，刚到门口却又被叫住了。
“杜睿！稚奴~~~”
杜睿知道太宗是什么意思，太宗如今还在位，自然能保住稚奴的一条性命，但是他不在了呢？李承乾能不能饶过这个犯错的弟弟？
“圣上只管放心，晋王殿下只是受了小人的蛊惑，才生出了旁的心思，晋王总归还是好的！臣便是舍弃了这一生的功名利禄也会保住晋王殿下的性命！”
太宗闻言，欣慰的点点头，道：“承明啊！稚奴就拜托你了！还有~~”
杜睿没等太宗说完，有些事情，是不需要说的：“李象，臣会留在宋国公府，让他成为臣的弟子，从今往后，他便不再是皇室的人，臣会悉心教导于他，让他日后成为一个学者，永远远离那些龌龊事！这件事太子殿下也应允了，臣未请示圣上，还请圣上不要怪罪！”
太宗看着杜睿，有一句话就在嘴边，却始终说不出来，最后只说了一句：“你下去吧！”
天牢之中，太宗犹豫再三，最终还是拖着病体来了，当两个韶华渐逝的男人再度碰面时，一个要生，一个要死，回忆起他们出生入死，终于长大成人的青葱岁月，这两个地位早已判若云泥的男人，会感到一丝悔意吗？
性矫饰，好矜夸，玩弓矢而不能成其艺，乃以武勇自称！
《新唐书》上这一评价显然含有贬义的成分，作者刘昫不知为何对侯君集如此怀有敌意。因为这一评价和侯君集一生的功业明显不符。也许刘昫仍然是出于成王败寇的惯性思维模式吧。就像青春期的项羽学书不成去学剑，学剑不成去学万人敌一样，在刘昫眼中的侯君集也是学“弓矢”不成，但出于“好矜夸”的习性，却常常“以武勇自称”，自称武勇就是一种“矫饰”，一种没有得到公认的虚假能力。
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